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선천성 면역에는 물리적 장벽과 화학적 장벽이 존재한다.

우선 물리적 장벽에는 표피, 점액, 코의 점막, 눈물기관, 타액, 배변과 배뇨, 여성의 질 등이 있다.

표피는 미생물이나 이물질이 우리 몸 안으로 유입되는 것을 막아주는 대표적인 물리적 장벽 역할을 한다. 점액은 몸속 공간의 표면을 매끄럽게 하기도 하고 물리적 손상이 일어나지 않게 보호하는 역할도 한다. 또한 높은 점도로 미생물과 이물질을 잡아 당겨 한쪽으로 격리시키는 역할도 한다.

대표적으로 비강(코)의 점막은 점액으로 덮이고 미생물, 먼지, 오염물질 등을 거른다. 또한 호흡점막은 상피세포의 표면에 섬모가 존재하여 흡인한 먼지와 미생물을 잡아 체외로 배출시키는 가래(객담)을 만들기도 한다.

눈물은 이물질의 자극으로 눈물을 흘려 미생물을 희석시켜 밖으로 배출시키고 타액은 입안점막과 치아표면에서 미생물을 씻어내고 항균작용을 하기도 한다. 배변과 배뇨를 통해 다양한 여러 미생물을 체외로 배출시킨다. 여성의 질은 낮은 산도로 인해 미생물이 성장하거나 상주, 존재하는 것을 억제하고 방지하기도 한다.

화학적 장벽에는 피부의 피지선에서 합성되고 분비하는 피지가 피부표면을 보호하는 보호막을 형성한다. 한선에서 배출하는 땀은 표피를 씻어내 미생물을 희석시키기도 하고 여기에 포함된 라이소자임이 세균의 세포벽을 파괴하기도 한다. 라이소자임은 세균을 용해시키는 효소로 눈물이나 침(타액), 코분비물 등의 조직액 등에 포함되어 있다.

위산은 염산으로 PH(수소이온농도) 2~4 정도의 강산으로 위속의 세균과 대부분의 세균독소를 파괴시킨다. 또한 피부나 점막 같은 장벽을 통과한 물질의 방어는 몸속의 항균물질이나 포식작용, 세포독작용, 염증 등으로 방어하기도 한다. 염증은 선천적 방어기전으로 염증으로 손상된 부위에서 미생물, 독소, 이물질 등을 처리하고 손상이 주변으로 퍼지는 것을 억제, 손상된 조직을 회복시키는 역할을 하기도 한다.

항균물질은 대표적으로 인터페론이 있는데 이는 바이러스에 감염된 림프구, 대식세포, 섬유모세포 등에서 분비하는 단백질 사이토카인으로 바이러스에 감염된 세포에서 유래된 인터페론은 감염되지 않은 이웃세포에 영향을 미쳐 바이러스가 더 이상 복제되지 않도록 하며 발병을 억제시키기도 한다. 또한 보체계(도움체 계통)는 포식작용을 강화하고 대식세포와 호중구를 유인하여 염증반응을 촉진한다. 또한 세균 세포벽을 파괴시켜 세균을 용해, 죽이는 역할도 한다.