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한국전력이 광주로 이전하고 전남에는 농업기반공사 및 농촌경제연구원, 농업연수원이 농업지원기능 군으로 묶여 이전하며, 정보보호진흥원, 정보통신부지시정보센터, 문화예술진흥원, 문화콘텐츠진흥원 등 광주와 전남에 16개 기관이 옮겨온다. 이렇게 공공기관 지방이전 발표 가 있는 후 광주시와 전남도가 공동결의 한 공동혁신도시를 신속히 공포되어야 한다는 지적이 일고 있다.

이와 관련, 박광태 광주시장은 "최대한 빨리 혁신도시를 결정하자"는 입장인 반면, 박준영 전남지사는 "최 적지 선정을 위한 전문연구기관의 용역을 거쳐 결정하겠다"는 차이를 보이고 있을 뿐 현재로선 공동혁신도시 건설에 의견일치를 보이고있다.

박광태 광주시장은 “광주·전남 혁신도시는 양 지역에 내려오는 18개 기관을 시·도 접경지나 전남지역 등 한 곳에 모두 모은 형태라야 의미가 있다”면서 “최대한 서둘러 혁신도시를 세워야 한다”고 밝히고, “혁신도시만 만들 수 있다면 한전의 지방세를 모두 전남에 양보할 수 있다”면서 “전남과의 협의를 통해 혁신도시는 ‘신 에너지산업지구와 정보·문화산업지구’ 형태로 추진할 것이다”고 밝혔다.

박준영 전남지사도 “혁신도시는 이전기관을 한곳에 모두 입주시키는 초광역 형태가 될 것”이라며 “광주시와 협의를 거쳐 이 같은 원칙을 이미 정하고 정부에 건의해 놓은 상태다”고 밝히고, "입지선정은 지역 여론을 수렴하고 공정한 용역을 거쳐 결정하겠다"고 밝혔다 .

한편 전남도는 15개 기관 중 광주와의 연관성이 없는 해양경찰학교만 분리해 전남지역에 배치한다는 방침을 정하고 조만간 혁신도시 입지선정을 위한 용역에 착수한다는 방침이다.